startsyncというコマンドで並列にアップロードすることが出来ます。
注意点は、同じ宛先、同じユーザーへ移行すると不整合が起きエラーとなりますので、
必ず異なる宛先、異なるユーザーで実行してください。
以下のドキュメントを参考にしてバッチを作成し、クラウドストレージのユーザーを別々にして実行してください。
startsyncの設定
https://junglejapan.box.com/s/ik5ywz81nz2g4nih289v2siok387emo1
startsyncの使用方法
https://junglejapan.box.com/s/goif6o2tl9usb3xx7k14vu7cze9eiisw
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