startsyncというコマンドで並列にアップロードすることが出来ます。
注意点は、同じ宛先、同じユーザーへ移行すると不整合が起きエラーとなりますので、
必ず異なる宛先、異なるユーザーで実行してください。
以下のドキュメントを参考にしてバッチを作成し、クラウドストレージのユーザーを別々にして実行してください。
現在、startsync の詳細な設定方法はユーザーマニュアルに記載をしております。
https://junglejapan.box.com/s/08teszntx6q8iimsgd18ih4bjlql0m5k
利用方法は
https://junglejapan.box.com/s/4pa0jaj47n5txj36z0loq1i2x2zcfh3l
の
並列処理：コマンドライン（P.36）
を参照してください。